アメリカの田舎町、エバンズ・シティ。ある日、住人の男性が突然発狂して妻を殺し、家に放火する事件が発生した。消防士のデヴィッドは現場で消火作業を行う中、同僚に町へ向かう軍の部隊を見たと告げられる。やがて町に防護服に身を包んだ兵士たちが現れ、伝染病の発生を理由に住人たちを強制的に連行し始めた。デヴィッドは詳しい説明も行わない軍の姿勢に反発し、友人のクランクと恋人のジュディを連れて数人の住人たちと共に軍の封鎖線からの脱出を試みる。実は町の付近に軍の輸送機が墜落し、搭載していた生物兵器のトリクシーが流出して飲料水の水源を汚染し、住人たちを発狂させていたのである。
政府は事態が明るみに出ることを恐れてペッケム大佐を派遣し、軍政を敷いて町を完全に封鎖すると同時に、封鎖失敗に備えて核爆弾による焼却を行うべく、上空に爆撃機を待機させる。デヴィットたちは軍から逃れるべく逃避行を続けるが、彼らの中にも発狂者が現れ、一行は次第に追い詰められていく。